Именно в учебном заведении нам уместно вспомнить слова Господа, сказавшего «Без Мене не можете творити ничесоже». Ведь, прежде всего, молодежь и в XIX, и в XX веках всегда была полна веры в себя. На пороге новых свершений, надежд, открытий, мечтаний и молодежь XXI века может остановиться на пороге нашего храма перед тем, как сделать шаг вперед к новым открытиям и вспомнить слова Св. Паисия Святогорца, размышляющего так над пророческими словами Господа Иисуса Христа. «Если человек хочет жить, не терзаясь, то он должен уверовать в то, что сказал Христос «Без Мене не можете творити ничесоже». То есть нужно в положительном смысле этого слова отчаяться в самом себе и уверовать в силу Божию. Отчаявшись, в хорошем смысле слова, в себе самом, человек находит Бога: «Все упование мое на Тя возлагаю». Даже самые духовные люди не могут быть уверены за свою жизнь, поэтому они никогда не выходят из пределов своей уверенности в Бога».
Этот храм строился в период 1896-1899 г. при правлении императора Николая II как «домовый» храм при Московском институте инженеров путей сообщения. Институт и храм, включая внутреннее пространство церкви, построены по проектам профессора И. С. Китнера, а иконостас расписан Ф. И. Рербергом. Сразу после окончания строительства храм был освещен 24 января 1899 г. преосвященным Тихоном, епископом Можайский. После событий 1917 года церковь была упразднена, а иконостас перенесен в строящийся храм Александра Невского на Миусах. Храм ждал времен возрождения, и они пришли.
С 2001 года в университете создана кафедра теологии, заведующим которой стал митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим (К. В. Нечаев). В том же году храм был повторно освящен Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II во имя святителя Николая Мир Ликийских Чудотворца.