В течение учебного года богослужения в Никольском университетском храме совершаются еженедельно по четвергам в вечернее время. Ежемесячно служится Божественная литургия. Традиционно участие в службе, богослужебное пение, алтарнические труды, а также подготовка храма к совершению богослужений осуществляется преимущественно силами студенческой молодежи, представителями профессорско-преподавательского состава и сотрудниками вуза.
В Свято-Никольском храме находится чтимая икона с частицей мощей преп. Иосифа Волоцкого. Традицию почитания святого в МИИТе заложил создатель кафедры теологии в вузе и инициатор возрождения университетского храма митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим, наместник Иосифо-Волоцкого монастыря (+2003). Владыка был участником обретения мощей преподобного Иосифа. В рамках работы студенческого волонтёрского отряда «Вера» по восстановлению Иосифо-Волоцкого монастыря студенты РУТ принимают участие в реставрационных работах в Соборе Успения Пресвятой Богородицы, строительных работах на территории монастыря, а также в помощи по хозяйству.